百山祖国家级自然保护区位于中国生态环境第一县的庆元县境内，与龙泉凤阳山国家级自然保护区相连接。保护区属武夷山系洞宫山脉，其主峰百山祖海拔为1856.7米，为江浙第二高峰，是瓯江、闽江和赛江的源头。
　　百山祖属于森林生态类型的自然保护区，总面积为10880.1公顷，森林蓄积量96.8万立方米，森林覆盖率为94.7% 。保护区属于亚热带湿润季风气候，根据多年观测，在海拔1100米的万里林保护站驻地，年平均温度为12.8℃，年降雨量2341.8mm，年相对平均湿度84.0%，极端最低气温-13.2℃，极端最高气温32℃。
　　保护区物种资源极为丰富。初步调查，共有种子植物173科828属2005种、蕨类植物36科82属236种、苔藓植物62科149属327种、大型森林真菌12目37科97属256种，共有脊椎动物254种、昆虫2192种。保护区被誉为"天然的珍稀植物园"和"野生动物的天然避难所"，其中分布着百山祖冷杉、南方红豆杉等国家一级保护植物4种，福建柏、鹅掌楸等国家二级保护植物20种，分布着华南虎、黑麂等国家一级保护动物8种，猕猴、穿山甲等国家二级保护动物47种，省重点保护43种。2000年被国家环保总局（现为环保部）列为全国生物多样性保护示范基地之一。
　　保护区森林植被保存完整。百山祖所处区系复杂，是华南与华东植物区的连接地带，植被形成明显的垂直带谱系列，自下而上为常绿阔叶林、常绿落叶混交林、落叶林、矮曲林、灌丛、稀灌草甸，并在百山祖北坡保存着大面积原生状态的森林生态系统和大量的野生物种，被誉为"华东古老植物的摇篮"。
　　百山祖冷杉是本保护区特有物种。百山祖冷杉是第四纪冰川时期的孑遗植物，分布在百山祖南坡海拔约1700米的阔叶林中，目前仅存3株，被国际物种保护委员会列为全球最濒危的十二种植物之一。经过多年的繁育技术研究，现已培育出了部分嫁接植株和实生苗，百山祖冷杉的拯救工作取得了阶段性成果。
　　百山祖生态旅游资源丰富。保护区生态环境良好，自然景观优美，气候宜人，空气含有负氧离子高，文化底蕴深厚。区内有著名的百山祖云海日出、丽水市十大峡谷之一百瀑峡、千层冰瀑、三井溪等自然景观，名木古树参天，有闻名遐迩的香菇文化（龙岩村）和不可忘却的红军战斗遗址（斋郎村），被评为五级旅游资源，2005年被列为浙江省首批"生态道德教育基地"和"生态环境教育示范基地"，2009年被评为“丽水十大旅游景点”。目前百山祖正在围绕国家4A级景区目标建设，随着景区的建成和进入庆元的交通改善，保护区将成为生态旅游、休闲度假的理想圣地。